农村合作医疗的报销程序如下：一、在本乡镇卫生院、村卫生室门诊就诊者，可直接在家庭帐户限额内支付门诊费用。在其他医疗机构或药店看门诊或开药者，可凭有效票据到本乡镇合管办报销。二、参保患者到县内定点医疗机构住院，注意必须保证合作医疗证、病历、费用清单及住院发票上患者资料的一致性。出院时，医疗机构对患者费用如数结算后，提供给患者疾病证明书、费用一日清单及总费用发票等，患者持合作医疗证及医院提供的资料到该医院合作医疗补偿窗口，经该窗口工作人员审核后予以现场补偿。三、参保患者到县级以上定点医疗机构住院，可在各乡镇合作医疗管理办公室或县合作医疗管理办公室办理转诊手续。出院时该医院需向患者提供疾病证明书、费用清单、总费用发票等资料，患者出院后，30天内凭该医院提供的资料、户口本及新型农村合作医疗证到乡本乡镇合管办办理补偿手续。四、需到省外及非定点医疗机构就诊的参保患者，必须到县合管办办理相关转诊手续，同时必须提供相关诊断证明。出院时也必须向院方索要疾病证明书、费用清单、总费用发票，出院后30天内，持户口本、合作医疗证及上述资料回患者所在乡镇办理补偿手续。五、外出打工在打工当地非定点医疗机构住院及未按要求办理转诊的参保患者，归为一类情况处理，补偿比例为30%，设起付线为300元，所需资料同前三项，出院后60天内到患者所在乡镇办理补偿手续。六、住院封顶线为每人每年30000元。