公司被员工恶意劳动仲裁了应该怎么办?

可以和解。但保险起见，建议把双方的和解协议交给仲裁庭制作调解书。因为调解书具有执行力，可直接申请执行。开庭后，可以与员工和解，也可以在仲裁庭的主持下进行调解。

当事人可以到下列调解组织申请调解

(一)企业劳动争议调解委员会;

(二)依法设立的基层人民调解组织;

(三)在乡镇、街道设立的具有劳动争议调解职能的组织。企业劳动争议调解委员会由职工代表和企业代表组成。职工代表由工会成员担任或者由全体职工推举产生，企业代表由企业负责人指定。企业劳动争议调解委员会主任由工会成员或者双方推举的人员担任。

仲裁程序

(一)提交仲裁申请书

(二)申请书符合要求的，仲裁委员会自收到申请书之日起5日内做出受理或者不予受理的决定。仲裁委员会决定受理的，自做出决定之日起5日内将申请书副本送达被申请人，并组成仲裁庭;决定不予受理的，说明理由，申请人可以就该劳动争议事项向人民法院提起诉讼。

(三)被申请人收到仲裁申请书副本后，应当在十日内向劳动争议仲裁委员会提交答辩书。被申请人未提交答辩书的，不影响仲裁程序的进行。当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当在指定期限内提供。用人单位不提供的，应当承担不利后果。

(四)劳动争议仲裁公开进行，但当事人协议不公开进行或者涉及国家秘密、商业秘密和个人隐私的除外。仲裁庭在开庭五日前，将开庭日期、地点书面通知双方当事人。当事人有正当理由的，可以在开庭三日前请求延期开庭。是否延期，由劳动争议仲裁委员会决定。

(五)当事人接到通知，无正当理由拒不到庭的，或未经仲裁庭同意中途退庭的，对申请人按照撤回申请处理，对被申请人可以缺席裁决。

(六)仲裁庭处理劳动争议应当先行调解，在查明事实的基础上促使当事人双方自愿达成协议，并将协议内容制作调解书，调解书经双方当事人签收后，发生法律效力。调解不成或者调解书送达前，一方当事人反悔的，仲裁庭应当及时作出裁决。

(七)仲裁庭裁决劳动争议案件，应当自劳动争议仲裁委员会受理仲裁申请之日起四十五日内结束。案情复杂需要延期的，经批准可以延期，但是延长期限不得超过十五日。逾期未作出仲裁裁决的，当事人可以就该劳动争议事项向人民法院提起诉讼。

(八)仲裁庭做出裁决前，申请人撤回仲裁申请的，仲裁庭经审查后，认为其撤回申请成立的，向双方当事人发出《准予撤回申请决定书》;但被申请人提出反申请的，不影响反申请的审理。

回答涉及到的法律依据：

《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第四十二条

仲裁庭在作出裁决前，应当先行调解。调解达成协议的，仲裁庭应当制作调解书。调解书应当写明仲裁请求和当事人协议的结果。调解书由仲裁员签名，加盖劳动争议仲裁委员会印章，送达双方当事人。调解书经双方当事人签收后，发生法律效力。调解不成或者调解书送达前，一方当事人反悔的，仲裁庭应当及时作出裁决。

《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第四十一条

当事人申请劳动争议仲裁后，可以自行和解。达成和解协议的，可以撤回仲裁申请。