进项税不能抵扣的原因包括：
1、属于增值税暂行条例列举的不能抵扣的情形；
2、取得发票不符合规定；
3、超越抵扣规定的时限；
4、抵扣手续不符合规定。
纳税人购进货物或者应税劳务，未按照规定取得并保存增值税扣税凭证，或者增值税扣税凭证上未按照规定注明增值税额及其他有关事项的，其进项税额不得从销项税额中抵扣。
下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：
1、购进固定资产；
2、用于非应税项目的购进货物或应税劳务；
3、用于免税项目的购进货物或应税劳务；
4、用于集体福利或个人消费的购进货物或应税劳务；
5、非正常损失的购进货物；
6、非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物或应税劳务费。
综上所述，凡属于增值税计算机稽核系统发现的上述涉嫌违规的发票，均不得作为增值税进项税额的抵扣凭证。
【法律依据】：
《中华人民共和国增值税暂行条例》第十条
下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：
（一）用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物、劳务、服务、无形资产和不动产；
（二）非正常损失的购进货物，以及相关的劳务和交通运输服务；
（三）非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物（不包括固定资产）、劳务和交通运输服务；
（四）国务院规定的其他项目。
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