法律分析：一、综合工时制下，年假是否计入工作时长？
综合工时制的年假算工时。年假指给职工一年一次的假期。根据相关法律规定，机关、团体、企业、事业单位、民办非企业单位、有雇工的个体工商户等单位的职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假（以下简称年休假）。单位应当保证职工享受年休假。职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。
二、综合工时制加班费怎么算？
综合计算工时工作制是指采用以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的工时制度。关于这样的综合工时制加班费是不是像其它加班时间一样给付加班费，得看具体情况，相关的规定如下：
实行综合计算工时工作制，其工作时间不区分制度工作日与公休日。员工在综合计算工时一个周期内只要总的实际工作时间没有超过法定总的工作时间的，其在公休日工作，不需支付200％加班工资。
《劳动法》第四十四条第（二）款“休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的200％的工资待遇”规定，一般只适用于实行标准工时制员工。
实行综合计算工时工作制员工实行计件工资制，其超过综合计算周期的总的法定工作时间的部分，要按计件单价工资的150％支付工资报酬。
法定休假日安排职工工作的，按300％支付职工工资报酬．对于实行综合计算工时工作制员工，采取集中工作、集中休息、轮休调休等方式，以确保职工的身体健康和生产、工作任务完成。
法律依据：《职工带薪年休假条例》第二条机关、团体、企业、事业单位、民办非企业单位、有雇工的个体工商户等单位的职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假（以下简称年休假）。单位应当保证职工享受年休假。职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。
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