大部分运费发票不能抵扣，特定情况下可以抵扣。增值税一般纳税人所支付的运输费用，运费结算单据准予抵扣。大部分货运发票种类准予计算进项税额扣除，但是纳税人取得的货运定额发票不予抵扣。
《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条 纳税人购进货物、劳务、服务、无形资产、不动产支付或者负担的增值税额，为进项税额。 下列进项税额准予从销项税额中抵扣： （一）从销售方取得的增值税专用发票上注明的增值税额。 （二）从海关取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额。 （三）购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和11%的扣除率计算的进项税额，国务院另有规定的除外。进项税额计算公式： 进项税额=买价×扣除率。 （四）自境外单位或者个人购进劳务、服务、无形资产或者境内的不动产，从税务机关或者扣缴义务人取得的代扣代缴税款的完税凭证上注明的增值税额。 准予抵扣的项目和扣除率的调整，由国务院决定。
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