一、应当立案查处的情形：(1)经初步了解，掌握一定的违法事实，应当给予行政处罚的2)根据举报人提供的当事人违法事实和证据，需要立案查处的3)掌握了当事人违法活动线索，且有违法嫌疑需要继续进行调查的4)上级烟草专卖行政主管部门指定管辖的案件5)依法应当立案查处的其他情形。
二、办理立案的，应当由承办人填写立案报告并附办案相关材料，报行政主管部门负责人审核批准。负责人批准的日期为立案日期。对正在发生的违法活动，有管辖权的烟草专卖行政主管部门应当立即查处，并在查处后七日依法补办立案手续。
三、调查取证，烟草专卖行政主管部门进行调查或者检查时，执法人员不得少于2人。执法人员查处违法行为，应当佩戴国务院烟草专卖行政主管部门制发的徽章，出示省级以上烟草专卖行政主管部门签发的检查证件。
法律依据：
《罚没卷烟管理办法（试行）》
第十三条 罚没卷烟应当采用变价处理或拍卖方式纳入流通渠道。
第十四条 罚没卷烟的变价处理实行属地原则，由查处案件或接受其他执法机关委托的烟草专卖局所在地的地市级烟草公司购进后纳入流通渠道。
第十五条 依法购进罚没卷烟是卷烟商业企业的责任，卷烟商业企业的责任。卷烟商业企业根据烟草专卖局出具的指定收购书必须购进罚没卷烟。
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