本案中，双方签订的协议中约定“保密费及竞业限制经济补偿在孙先生工资中按月发放”条款违反《劳动合同法》第二十三条的规定，根据《劳动合同法》第二十六条的规定，该竞业限制约定违反法律规定应属于无效的约定，孙先生辞职后可以不遵守竞业限制的约定，故孙先生并未违约，不应支付违约金。
一、离职竞业限制公司在离职后多久开始发补偿
劳动者离职后遵守了竞业限制的，用人单位要按竞业限制的约定，按月支付经济补偿给劳动者。
《中华人民共和国劳动合同法》
第二十三条【保密义务和竞业限制】用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。
对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
第二十四条【竞业限制的范围和期限】竞业限制的人员限于用人单位的高级管理人员、高级技术人员和其他负有保密义务的人员。竞业限制的范围、地域、期限由用人单位与劳动者约定，竞业限制的约定不得违反法律、法规的规定。
在解除或者终止劳动合同后，前款规定的人员到与本单位生产或者经营同类产品、从事同类业务的有竞争关系的其他用人单位，或者自己开业生产或者经营同类产品、从事同类业务的竞业限制期限，不得超过二年。
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