法律分析：
新农合办公室是政府机关工作单位，在周六周日是有公休假的。
新农合办公室一般周末是不上班的，周一至周五全天班。
新农合的工作职责：认真贯彻执行新农合工作的相关文件和管理措施，在镇党委政府的领导下，协调各村认真组织和筹集新型农村合作医疗基金个人筹资部分的收缴；负责一年一度参合农民信息的录入、审核，制作新型农村合作医疗有关卡、证、表、册的管理，及时填发就诊证。
管理参合农民的参合档案；加强对定点医疗机构的监督和管理，定期、不定期向镇党委政府和县合管局汇报工作，落实上级交办的其他任务；在镇党委政府的领导下，负责对此项惠农政策进行广泛宣传、发动，为参合者提供咨询服务；负责调解新型农村合作医疗制度运行中发生的异议、纠纷。负责新农合日常文书的书写、打印及各类文件的收发、归档、保管。
承担新农合实施办法、管理办法、规章制度的解释。定期向社会公布全镇新农合基金收支及医药费补偿情况。监督定点医疗机构，发现、解决医疗服务中存在的问题，对违反新型农村合作医疗有关规定的医疗行为、收费行为及时向上级报告。
法律依据：
《国务院关于职工工作时间的规定》 第七条 国家机关、事业单位实行统一的工作时间，星期六和星期日为周休息日。
企业和不能实行前款规定的统一工作时间的事业单位，可以根据实际情况灵活安排周休息日。
《职工带薪年休假条例》 第三条 职工累计工作已满1年不满10年的，年休假5天；已满10年不满20年的，年休假10天；已满20年的，年休假15天。
国家法定休假日、休息日不计入年休假的假期。
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