建筑工程纠纷，主要可以通过协商、调解、仲裁或诉讼方式解决。
1、协商
按照法律和商业惯例，一旦出现商业纠纷，双方应首先在自愿、平等的基础上进行友好协商，寻求解决的可能性。双方既有商业联系，对纠纷产生的原因应是心中有数，如果双方从合作的愿望出发并持客观公正的态度，通过坦诚、细致的磋商，纠纷是不难解决的。
2、调解
经过协商不能达成协议时，双方可申请业务主管部门(如工程造价管理协会等)出面进行调解。业务主管部门是依法负有对日常商业活动的指导、管理、监督之责，他们比较熟悉本行业的业务，比较全面的掌握情况，由其出面调解，既容易做纠纷双方的思想工作，又能正确运用法规，提出合理和中肯的解决方案。
3、仲裁
如果纠纷双方不愿通过协商和调解，或者协商、调解不成时，就只能在仲裁和诉讼两种方式中作一选择。仲裁作为解决商业纠纷的重要方式，具有与法院诉讼同等的法律地位和强制执行效力。
4、诉讼
毫无疑问，诉讼是解决商业纠纷最严厉的手段，同时也是最终的手段，在万不得已之下才予以采用。
一、建筑工程纠纷能否约定异地仲裁
不能在异地仲裁，只能在工程所在地法院仲裁。
因为“建设工程施工合同纠纷”划分到不动产专属管辖的范畴，所以建设工程施工合同纠纷当事人，只能约定由不动产所在地即建设工程所在地法院管辖案件，不能约定其他法院管辖。
《民事诉讼法》第三十三条规定：“因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖。”《民事诉讼法》解释第二十八条第二款的规定：“农村土地承包经营合同纠纷、房屋租赁合同纠纷、建设工程施工合同纠纷、政策性房屋买卖合同纠纷，按照不动产纠纷确定管辖。”建设工程施工合同纠纷，按照不动产纠纷确定管辖。
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