灵活就业人员医保卡上没钱的原因如下：
1、选择的是医保低缴费档次：
灵活就业人员在缴纳医保的过程中，一般会面临两个档次，一个是低档，缴费比例一般是4%左右，一个是高档次，缴费比例一般是8%左右，这两个档次最大的区别就是，前者是不会有医保个人账户的，也就是说缴费后不会往个人账户里面返款，而后者是有医保个人账户的。
2、职工医保未生效：
有的地方规定灵活就业人员缴纳职工医疗保险，需要六个月以后才能生效，也就是需要六个月以后才开始往个人社保卡里返钱，也需要六个月以后，生病住院才能享受医疗报销待遇；
3、其他原因：
各地规定不同，按照本人缴费基数的3%划入个人账户，满45周岁按照本人缴费基数的3.5%划入个人账户，达到法定退休年龄的灵活就业参保人员，其职工医保参保身份变更为退休后，按照本人缴费基数的4%划入个人账户。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第四条
中华人民共和国境内的用人单位和个人依法缴纳社会保险费，有权查询缴费记录、个人权益记录，要求社会保险经办机构提供社会保险咨询等相关服务。
个人依法享受社会保险待遇，有权监督本单位为其缴费情况。
第五条
县级以上人民政府将社会保险事业纳入国民经济和社会发展规划。
国家多渠道筹集社会保险资金。县级以上人民政府对社会保险事业给予必要的经费支持。
国家通过税收优惠政策支持社会保险事业。
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