上海土地使用税在征收之前，纳税人需要进行纳税申报，然后按照流程纳税。首次申报或土地信息发生变更时，应报送《城镇土地使用税税源明细表》3份，同时提供土地使用权证或购地合同、发票等证明土地使用权属的材料。办税服务厅接收纳税人资料信息或纳税人通过互联网络申报后提交的纸质资料，核对资料信息是否齐全、是否符合法定形式、填写内容是否完整、是否与税收优惠备案审批信息一致，符合的即时办结；不符合的当场一次性告知应补正资料或不予受理原因。
一、上海土地使用税的计税面积如何确定？
1、纳税人实际占有土地的使用权属于专有的，计税土地面积以房地产权证上记载的土地面积为准；无房地产权证或者房地产权证上未记载土地面积的，以建设用地批准文件记载的土地面积为准。
2、无法按照前款规定确定计税土地面积的，应当以实际测量的土地面积计税。
3、纳税人实际占有土地的使用权属于共有的，以所在宗(丘)地面积为计税依据。
4、房地产登记中已对宗(丘)地面积按照房屋建筑面积进行分摊的，计税土地面积以房地产权证上记载的分摊土地面积为准。
5、未经房地产登记或者房地产登记中未对宗(丘)地面积按照房屋建筑面积进行分摊的，计税土地面积依如下公式计算：计税土地面积=纳税人的房屋建筑面积÷宗(丘)地内所有房屋的总建筑面积×宗(丘)地面积。
二、哪些情况下可以减免土地使用税？
1、按照《土地使用税暂行条例》和(88)国税地字第015号等文件的规定，经批准开山填海整治的土地和改造的废弃用地，从使用的月份起免税5年至10年。开山填海整治的土地和改造的废弃用地以土地管理机关出具的证明文件为依据确定；具体免税期限由各省、自治区、直辖市税务局在规定的期限内自行确定。
2、企业办的学校、医院、托儿所、幼儿园，其用地能与企业其他用地明确区分的，可以比照由国家财政部门拨付事业经费的事业单位自用的土地，免征土地使用税。
3、按照规定，对于企业征用耕地，凡是已经缴纳了耕地占用税的，从批准征用之日起满一年后开始征收城镇土地使用税，在此以前不征收城镇土地使用税，但是征用非耕地因不需要缴纳耕地占用税的应从批准之次月起征收城镇土地使用税。